廉江市水务局设下列内设机构：

办公室

规划财务审计股

水资源管理股

水利工程建设管理股

河湖管理股

水土保持和农村水利股 

移民安置股

水旱灾害防御和调度管理股

执法股（执法大队）

人事股（科技教育和纪检监察股）